Institutul  de  Chimie  a  fost  fondat  în  anul  1959  în  baza  sectoarelor  de  Chimie  Organică,  Chimie  Anorganică
şi  a  laboratorului  de  Chimie  Analitică  ale  filialei  Moldovenești  a  Academiei  de  Ştiinţe  a  URSS.

Baza direcţiilor ştiinţifice ale Institutului a fost pusă de cunoscuţii savanţi, membri ai Academiei de Științe, fondatori ai unor şcoli ştiinţifice în Republica Moldova: acad. Antonie Ablov (1905-1978) - şcoala de chimie a compuşilor coordinativi; acad. Gheorghe Lazurievski (1906-1987) - şcoala de chimie organică şi bioorganică, acad. Iurie Lealicov (1909-1976) - şcoala polarografică, organizator şi conducător al cercetărilor în domeniul metodelor fizico-chimice de analiză.

Ulterior s-au constituit școli ştiinţifice noi: сhimie cuantică – condusă de acad. Isaac Bersuker; сhimie organică, bioorganică, chimie a compuşilor naturali şi fiziologic activi - condusă de acad. Pavel Vlad (1936- 2017); сhimie a compuşilor coordinativi, macrociclici şi supramoleculari - condusă de acad. Nicolae Gărbălău (1931-2006); сhimie bioanorganică - condusă de acad. Constantin Turtă (1940-2015); chimie ecologică – condusă de acad. Gheorghe Duca; chimie a adsorbanţilor – condusă de către acad. Tudor Lupaşcu.